《拳皇13》是老牌格斗游戲《拳皇》系列第13代最新作，也是接續《拳皇2003》、《拳皇11》之后的“阿修篇”三部曲完結篇，畫面采用高解析度2D圖像構成，承襲傳統3人組隊對戰玩法，收錄31名參戰角色以及“新極限超必殺技”與“超驅動模式”等大幅強化的格斗系統。游戲初版共登場33名角色，其中大部分被分為十個隊伍。隊伍分別是：伊麗莎白隊、日本隊、餓狼傳說隊、超能力戰士隊、怒隊、女性格斗家隊、八神隊、龍虎之拳隊、金隊、K'隊。除了以上的參賽隊伍，另存在個人參賽角色：阿修·克里門森。齋祀（變身后）、血之螺旋瘋狂阿修作為CPU專用角色，通常情況下無法進行選擇，但通過修改補丁等方式可進行相應的選擇。在版本中新追加了五名可操作角色，分別是齋祀（未變身）、比利·凱恩、NESTS風格京、取回了炎的庵、空手道先生。通過使用相應的指令或達成相應條件即可進行人物的選擇。對戰中的角色將在畫面中顯示相應的個人情況，其中包括體力槽、防御耐久槽、驅動槽、能量槽。

       體力槽與能量槽作為格斗游戲中常見的基礎設定，用于體現角色的生命值與可使用超必殺技的能量值。在體力槽下方的防御耐久槽將表示角色防御攻擊可持續多久，若耐久槽減空則會出現防御崩壞的情況。驅動槽位于能量槽的上方，攻擊對手或收到攻擊時則會上升，在當前角色退場后將會被隊友繼承。角色可以通過消耗驅動槽進“驅動取消”，并在滿槽后進入“超級驅動模式”。在上一部《拳皇XI》的結尾，禍忌被草薙京和八神庵合力擊敗后，被紫苑投出的長槍所貫穿后死去，紫苑則消失于次元的裂縫。但是余下的一族們像嘲笑一般奪走了由哈迪倫所率領的調查部隊的努力成果并現身于其面前。他們所說的遙遠彼之地是什么？為何要執著的要尋求大蛇之力呢？另一方面，八神庵因為受活性的大蛇之血支配而暴走，將早已精疲力盡的草薙京擊倒在地。阿修·克里門森突然出現，偷襲并打敗了暴走八神庵，取走了蒼炎及其八尺瓊勾玉，并擺脫了伊麗莎白的阻攔。隨著神樂千鶴之后進一步得到八神庵的力量。八咫之鏡已破，八尺瓊勾玉已碎，三神器之中只余下草薙之劍......

        時間將至，相繼的遭遇事故，一直被擔心能否能舉行的KOF大會?？墒窃谀橙说膹娏ν苿酉?，KOF大會反而以史上最大的形式來舉行。以世界各地為擂臺，在空前絕后的規模下舉行的異種格斗大會以前所未有的華麗報道下升溫。然后，第13屆拳皇大會的挑戰書送往強者們……寄信人則是……“R”！在大會的終末階段，時間突然靜止，遙遠彼之地的首領齋祀率眾成員出現。其企圖以活祭的方式讓大蛇蘇醒，通過借助大蛇的力量，穿越時空之門回到過去，避免族人被滅絕的過去，同時消除所有人類。在關鍵時刻，阿修利用神器之力偷襲了齋祀，奪取其冥炎之力以了結一切。然而齋祀憑借其強大力量竟反噬阿修，意圖操縱阿修以達成其目的；最后阿修憑借其驚人意志力控制了身體主權，阻止了齋祀的陰謀。由于齋祀是阿修的祖先，而其是通過穿越時空的方式來到現在的時間。隨著祖先死去，阿修亦因為時間悖論的關系消失在除伊麗莎白之外所有人的記憶中。一切迷霧最終得以揭開，遙遠彼之地篇宣告結束……